Juan Pablo Romero, natural de México, ha ganado este año el Premio Extraordinario de Doctorado que ofrece Tecnun, por desarrollar un algoritmo que mejora la precisión del tratamiento de enfermedades como el cáncer. Con orgullo cuenta que “está disponible en Bioconductor, una de las bases de datos más importantes de algoritmos bioinformáticos, y que desde que lo subieron a esta base de datos, ha sido descargado más de 4 mil veces.” Juan Pablo Romero terminó con éxito la tesis hace dos años, tal y como reconoce, gracias también al apoyo de sus directores Dr. Ángel Rubio y Dr. Francis Planes. Desde entonces, investiga en el departamento de Oncohematología de CIMA

1. ¿Cuál fue el objetivo de tu tesis?

El objetivo global del proyecto consistió en el desarrollo de un algoritmo (EventPointer) para poder encontrar eventos de splicing alternativo y analizarlos estadísticamente. alterados debido a la enfermedad.

Existen diversos artículos científicos que hablan sobre la relación causa-efecto de algunas alteraciones genómicas en el desarrollo de diversas patologías. Uno de estos artículos habla de los "Hallmarks of Cancer" y sus autores definen seis características comunes a todos los tipos de cáncer que se utilizan para explicar la transformación de una célula normal en una maligna o tumoral. Más adelante apareció evidencia de la relación de algunas alteraciones con estos Hallmarks y apareció otro artículo que hace una relación directa del splicing alternativo con los Hallmarks. Con esta información, creímos que sería interesante desarrollar herramientas para poder analizar este tipo de alteraciones y así conocer mejor el desarrollo de estas patologías.

2. ¿Cuál es el principal avance que supone?

El principal avance que supone está principalmente en la metodología. Algunos algoritmos ya existentes hacen estos análisis, pero no utilizan toda la información disponible. Con EventPointer, utilizamos herramientas matemáticas y estadísticas para combinar toda esta información y generar un análisis mucho más robusto y completo. No solo damos valores sobre la significancia estadística, si no que también medios para visualizar estas alteraciones.

 Actualmente el grupo de investigación sigue desarrollando el algoritmo y se ha incluido otra herramienta que ayuda a validar experimentalmente todos los eventos de splicing que se detectan con el algoritmo.  

3. ¿Va a tener aplicación práctica?

El algoritmo está disponible en una de las bases de datos más importantes de algoritmos bioinformáticos: Bioconductor. Desde que lo subimos a esta base de datos, ha sido descargado más de 4 mil veces. También distintos artículos científicos nos han citado, demostrando que la comunidad científica hace uso de estas herramientas en distintos proyectos de investigación. Aunque es cierto que, al ser un algoritmo de investigación, de momento es complicado que tenga una aplicación directa sobre casos clínicos. 

Por otro lado, el algoritmo también es parte del software de Affymetrix (empresa número 1 en el mundo en los microarrays). Durante una colaboración, les comentamos sobre el algoritmo y accedieron a incluirlo en su propio software.

4.  ¿Por qué crees que ganaste el Premio Extraordinario de Doctorado que ofrece Tecnun?

Quizá porque lo que se hizo en el doctorado se convirtió en una herramienta real y disponible para todo el mundo. Veo mi tesis como una contribución a la comunidad científica para poder comprender mejor las distintas enfermedades. Por otro lado, creo que, si he tenido la oportunidad de ganar este premio, es también gracias al apoyo de mis directores de tesis Dr. Ángel Rubio y Dr. Francis Planes. Ellos me ayudaron mucho en el día a día a comprender mejor todos los pasos del doctorado y sobre todo a prepárame para un futuro en el campo de la investigación. Yo lo veo más como un premio para todo el equipo de bioinformática de Tecnun.